Para alterar o valor de comissão de um Parceiro referente à uma Reserva, há duas possibilidades:

Durante a criação de uma Reserva de forma manual

No processo de criação de Reserva do Stays.net, na etapa [Condições] você poderá definir o parceiro através do campo [Tipo de Reserva > +Relações] e, se necessário, alterar o valor da comissão.
Você poderá definir o valor fixo (ex: R$ 100,00) ou uma porcentagem sobre as diárias.

Reservas já criadas anteriormente

Para Reservas já criadas em sua Central, a alternativa é acessar a Página de Reserva e, na área com informações do Parceiro, clicar no ícone da canetinha ao lado da palavra [Comissão].
Você poderá definir o valor fixo (ex: R$ 100,00) ou uma porcentagem sobre as diárias.

Para reservas importadas de Canal de Venda onde o mesmo já nos informa o valor da comissão, Stays.net não permitirá fazer essa ação para que as informações não fiquem desalinhadas entre as plataformas.